Den Kosten- und Effizienzvorteilen stehen natürlich auch Nachteile gegenüber, die vor allem in der technischen Umsetzung zu finden sind.

Problematik der Echtheit des Prüfschlüssels

Zur Verschlüsselung der Daten wird ein öffentlicher Schlüssel, der für alle einsehbar ist aber nicht autorisiert werden muss, benötigt, genauso wie ein privater Schlüssel, der mit Hilfe diverser Programme (zum Beispiel PGP) selbst erstellt werden kann. Ein Betrüger könnte beide unter Angabe eines falschen Namens selbst erstellen, unwissende Personen anlocken und dann, wenn er fälschlicherweise als vertrauensvoll eingestuft wurde, die in Erfahrung gebrachten Daten missbrauchen.

Umgangen werden kann dieses Szenario mit der qualifizierten elektronischen Signatur, die für einige Geschäftshandlungen gesetzlich vorgegeben wurde. Für diese Signaturen wird zusätzlich ein Zertifikat ausgegeben, das einen Nachweis der Echtheit des Prüfschlüssels bringt.

Problematik der Geheimhaltung und Weitergabe

Laut Gesetz ist der Inhaber des Signaturschlüssels dazu verpflichtet, die Signaturerstellungsdaten sorgfältig aufzubewahren, eine Weitergabe ist zu unterlassen. Sollten die Signaturerstellungsdaten verloren gehen, so muss er unverzüglich das Zertifikat widerrufen.

Probleme ergeben sich, wenn der Schlüssel in falsche Hände gerät. Andererseits ist es für Betrüger auch möglich, einen mit PGP selbst erstellten Schlüssel zum Beispiel per E-Mail an Komplizen zu verschicken.

Verhindern kann man dies durch den Einsatz von Chipkarten, denn dadurch kann sogar vom Inhaber selbst der Schlüssel nicht gelesen werden.

Problematik der Software

Nur mit Hilfe einer geeigneten Software kann überprüft werden, ob die digitale Signatur echt oder gefälscht ist. Problematisch ist allerdings, dass die mathematischen Operationen auch von anderen, PGP ähnlichen Programmen erstellt werden können und daher selbst von der Software nicht als falsch zu erkennen sind. Darüber hinaus ist es auch möglich, dass sie Software selbst manipuliert ist.

Dieses Problem kann mit aktuellen Methoden kaum umgangen werden. Dies ist wohl der einzige Punkt, in dem die traditionelle Methode einen Vorteil aufweist.